Ballobar fue reconquistada en la campaña del Bajo Cinca hacia el 1149. Tras la conquista de Fraga y Lérida, pasó a la casa condal de Urgel. Pedro I era hijo de un primer matrimonio de Sancho Ramírez con Isabel de Urgel. El testamento del conde Ermengol IV (1081) ya preveía que a falta de descendencia legítima suya o de sus hermanos heredaría el condado su primo, Pedro de Aragón.
Esta amistad había hecho que Aragón y Urgel se pusieran de acuerdo para atacar conjuntamente la ciudad de Lérida bajo el mando de Pedro I y que éste ayudaría a Ermengol IV en la conquista de Balaguer. Cuando Berenguer IV conquistó Lérida dio al conde de Urgel el título de marqués de Lérida. Ermengol VIII (1184-1208) Conde de Urgel, contaba entre los castillos del Cinca, el de Ballobar. Al morir, lo dejó en favor de su hija Aurembiaix (1208-1231).
La esposa de Ermengol, doña Elvira, entregó los derechos del condado a Pedro II en 1209, ante las aspiraciones de Guerau Cabrera, sobrino de Ermengol, quien intentaba apoderarse del castillo de Ballobar y de todo el condado durante la minoría de edad de Jaime I. Pedro II, ante sus continuas disensiones le hizo prisionero en el castillo de Loarre, liberándole posteriormente a requerimiento de la nobleza catalana. Pedro II, hasta su muerte (1213) se tituló Conde de Urgel. Éste había recibido el condado y castillo de Ballobar mientras fuese menor de edad Aurembiaix.
En 1212 el rey Pedro II de Aragón entregó al Monasterio de Sijena la villa de Ballobar a modo de pago. Posteriormente, el convenio de Terrer (1222), dejó a Guerau Cabrera en posesión del condado, bajo soberanía real, mientras Aurembiaix no lo reivindicase. Con su muerte pasó a gobernar el condado Aurembiaix, hasta 1231, fecha de su fallecimiento.
En 1268 el rey Jaime I de Aragón vendió a la condesa de Urgel Constanza la villa y castillo de Ballobar, y en 1273 dio la villa de Ballobar a Geraldo de Cabrera, quien en 1277 restituyó Ballobar a Pedro III de Aragón. Éste dio Ballobar a Guillén de Moncada en 1294, pasando a ser de realengo los años siguientes. En 1393 el rey Juan I de Aragón dio a Pedro Benvibre el castillo y lugar de Ballobar, y en 1488 pasó a manos de Guillén de Moncada. Desde el siglo XV se integró en los dominios de la baronía de Mequinenza.