Ballobar es una variante del antiguo nombre del municipio, Ballovar. Así se llamaba hasta 1842, cuando pasó a denominarse con su nombre actual. El origen del nombre de Ballobar tiene varias versiones: según algunos, significa “río sobre río”, según otros, es un topónimo de “valle de lobos”, y algunos atribuyen su nombre a un origen ibérico, que haría referencia a la abundancia de trigo o grano.